Heppner được chỉ định làm quận lỵ tạm thời vào lúc Quận Morrow được thành lập và nó đã đánh bại khít khao Lexington trong cuộc bầu cử năm 1886 để trở thành quận lỵ vĩnh viễn. Nó được tổ chức thành phố vào năm tiếp theo sau đó.

Heppner gần như bị tàn phá bởi một trận lụt ngày 14 tháng 6 năm 1903. Trận lụt được dự báo bởi một đám mây đen cuồn cuộn và theo sau là một trận mưa đá gây hư hại một con đập và nước tràn ngập. Một dòng nước và mọi thứ tràn xuống các con lạch và thung lũng và băng ngang qua thành phố. Ước lượng có khoảng 225 người hay một phần tư dân số bị chết chìm. Thiệt hại tài sản được báo cáo là gần 1 triệu đô la. Các thành phố lân cận như Ione và Lexington cũng bị thiệt hại nặng. Stewart Holbrook đã diễn tả sâu sắc sự kiện này trong tác phẩm của mình là "Disaster in June".[1]